实施生态系统保护和修复的要点可以梳理为以下三点：

生物自然修复赋予生态系统更强的自我恢复能力和维持能力来应对外界干扰和重大破坏。自然恢复具有高度不确定性，这意味着生态环境动态的随机性能够让某种生物在某一区域大量聚集却从另一区域毫无踪迹，这种随机过程让生态系统具有了更高水平的异质性。在“适者生存”的作用下，自然恢复的生态系统通常具有更好的环境适应性，适应了当地环境的生物找到了生存的“位置”，带来其伴生物和共建种，在生态系统中形成物种相互作用的等级组织，生物群落的稳定性逐渐增强,进一步提高了环境的自我恢复能力和维持能力。

自然恢复能够以较低的恢复成本，逐步恢复多种生态系统功能。研究显示，安第斯山脉西侧15-30年自然再生林的碳储量达到了原始森林碳储量的50%左右，碳汇功能大幅提升。15-30年自然再生林与原始林中的生物栖息地并无明显差异，能够为濒危物种提供合适的生存环境，有利于维护生物多样性。因此，在条件适合的地方以生物自然修复为主，不仅能够更好恢复当地生态环境，还能将有限的资金和时间投入到需要人为干预的地区进行生态修复，提高资源利用率。

自然修复要求在生态恢复过程中最小化人工干预，但这并不意味着放任自流。在土壤养分、土壤湿度、微生物群落和矿物土壤特性等土壤条件不佳和缺乏繁殖体的生态区，在生物自然恢复的基础上辅以人工干预可以在一定程度上提高生态环境修复的效果和速度，提高生态恢复的成功率以及生态系统的稳定性。因此，针对中国不同地区、不同破坏程度的生态环境区，制定不同的生态修复方案变得尤为重要。以黄土高原生态修复为例，中国地质大学研究团队历时三十年证明了“前期人工支持诱导、中后期靠自然修复”的可行性。前期通过人工干预创造良好的土壤环境并建立全新的、适合当地条件的生态系统雏形，为生态自然恢复提供基本条件，后期依靠生物自然修复形成具有强大自我恢复能力和维持能力的生态系统。为我国其他环境重度破坏地区的生态修复提供了可行性方案。

我国国情和生态环境现状倒逼我们对生态破坏地区采取系统保护、综合治理的策略。据《全国主体功能区规划》记载，我国适宜开发的国土面积较少，且生态环境十分脆弱，其中中度脆弱生态区占我国国土面积的25.5%，重度脆弱生态区占19.8%，极度脆弱生态区占9.7%。由于全球变暖以及资源开发超出生态环境承载力，许多地区的森林、湿地、草原等生态环境恶化，再加上粗放式的生产模式，水土流失、沙漠化、石漠化等现象更加严重，生态系统功能退化。然而，目前我国生态环境一体化与行政管理区域化、生态要素整体性与要素治理部门化之间的矛盾仍未得到有效缓解，各自为政、九龙治水、治理脱节的现象时有发生，开展立体式一体化修复规划刻不容缓。

大自然中各生态要素之间的关系要求我们必须从全局角度统筹山水林田湖草沙系统治理，开展一体化生态修复规划。在同一生态系统内，山水林田湖草沙是生命共同体，彼此之间相互依赖、相互耦合。如果该区域森林遭到破坏，植被覆盖率降低，山变成了秃山，易发生山体滑坡；水土流失加剧，水质恶化；山中土壤养分流失，植被难以恢复；河流含沙量增大，抬高河床导致两岸农田被淹没。因此，我们必须用系统的思维看问题，不能孤立治理各生态要素。由于相对地理位置、不同生态系统之间同一要素的联系以及生态系统内部不同要素的关联性等因素，某一地区的不恰当人类行为会对生态环境造成跨区域、跨部门的影响。其影响范围的大小取决于生态介质的拓展范围，例如，由于我国冬季盛行西北风，西北沙漠地区的沙尘暴可能会波及到我国东南沿海地区的环境质量，影响区域便从局部范围扩展到了宏观的时空尺度。概言之，实施生态系统修复和保护必须按照生态系统的整体性、系统性及其内在规律，在生态系统的时空格局上规划整体保护、系统修复、综合治理。

以政府或相关环保组织为落实主体的生态补偿机制是缓解我国生态环境保护与经济发展矛盾的重要举措。以河流全流域生态补偿为例，我国大部分河流的上游水源涵养区生态环境脆弱，需要投入大量的人力、物力和财力来维持生态平衡，但是当地的经济发展水平却不及河流下游区域，即经济发展水平与当地的生态保护要求不协调。因此，为了维护河流全流域生态平衡，迫切需要坚持全流域整体生态保护和多元化生态补偿机制并行，积极拓展生态补偿融资渠道，形成由中央政府和河流下游区域政府为主导、社会各主体可持续参与的生态补偿系统。

同时，生态补偿机制还能够有效促进产业结构优化升级。合理的生态补偿机制能够改变企业的成本效益核算方式，并推动生态补偿机制的市场化，提高社会主体参与生态环境修复的积极性。具体而言，生态补偿机制倒逼企业优化要素结构、产品结构和技术水平，提高资源利用率和产出率，一方面减少企业因生产带来的污染排放，另一方面利用环保技术中和企业已排放的污染物，最终减少因生态污染而带来的额外成本。